Ban đầu có 4 phân khoa đại học (faculty) Nghệ thuật, Thần học, Y khoa, Luật, ngày nay Viện Đại học Leipzig có 14 phân khoa:

• Phân khoa Thần học
• Phân khoa Luật
• Phân khoa Lịch sử, Nghệ thuật và Nghiên cứu phương Đông
• Phân khoa Triết học
• Phân khoa Giáo dục
• Phân khoa Khoa học xã hội và Triết học
• Phân khoa Kinh tế và Quản lý (bao gồm Kỹ thuật dân sự)
• Phân khoa Khoa học thể thao
• Phân khoa Y (có một bệnh viện trường)
• Phân khoa Toán học và Khoa học máy tính
• Phân khoa Công nghệ sinh học, Dược và Tâm lý học
• Phân khoa Vật lý và Khoa học trái đất
• Phân khoa Hóa học và Khoáng chất học
• Phân khoa Thú y